VIDEO- DOCUMENTO HISTÓRICO: José Asunción Flores llega al Paraguay en 1991

Exilio, muerte y legado

Debido a la excelencia de su música y las contribuciones a la música del Paraguaya y a su cultura, Flores fue galardonado con la Orden Nacional al Mérito en 1949. Sin embargo, decide no aceptar la distinción en protesta por el asesinato del estudiante Mariano Roque Alonso, en una manifestación contra el gobierno. Debido a ello, fue tratado como "traidor a la Patria" por el gobierno y cuando Alfredo Stroessner es presidente de Paraguay en 1954 (hasta 1989), a Flores se le negó el retorno al Paraguay. Así vivió exiliado, impidiéndosele aún ya enfermo (víctima del mal de Chagas), el deseo de ver su país y su gente antes de morir. Lo único que se permitió fue seguir pasando por radio las Guaranias. Flores falleció en 1972, en Buenos Aires. (Discurso de Elvio Romero en el sepelio en el Panteón de SADAIC.

Fue designado miembro del Consejo Mundial de la Paz.

En 1991, ya sin Stroessner, Flores retornó al camino eterno del Paraguay, y sus restos reposan en la plaza homónima y de su amigo Manuel Ortiz Guerrero en la ciudad de Asunción.